Il est composé des enseignants chercheurs des universités de la place et ceux des pays voisins. Les membres du Conseil Scientifique donnent leurs avis sur la pertinence des programmes des filières de niveaux Licence et Masters enseignés, l’organisation des évaluations, la programmation des cours des enseignants, des soutenances de fin de cycle, ainsi que la validation des résultats académiques. Les membres du Conseil président les jurys des soutenances. Le Président du Conseil Scientifique contresigne avec les présidents des jurys les procès-verbaux des délibérations, signe les attestations de réussite et les diplômes.
Le Conseil Scientifique se réunit deux (2) fois par an à la fin de chaque semestre sur convocation de son président. Il contrôle et valide les programmes d’enseignement, de même que les résultats académiques. Il donne un avis sur les rapports présentés par les responsables pédagogiques des différentes spécialités.